L’histoire de la TUSM remonte à 1907, lorsque l’école de médecine allemande a été fondée par Erich Paulun, un médecin allemand, puis a été rebaptisée école de médecine allemande de Tongji l’année suivante. L’école a été agrandie plus tard pour inclure l’ingénierie dans ses programmes. En 1917, il a été repris par des Chinois ethniques. En 1923, elle a été officiellement créée sous le nom d’Université de Tongji. À la suite d’une campagne nationale de réorganisation des écoles et des départements entre les universités lancée par le gouvernement central de la République populaire de Chine nouvellement fondée en 1949, la discipline de la médecine a été transférée à la province du Hubei pour soutenir la Chine centrale. En 2000, le Tongji agrandi a de nouveau fusionné avec l’Université Tiedao de Shanghai et s’est développé pour devenir le nouveau Tongji. Ensuite, TUSM a été reconstruit sur la base de l’école de médecine de l’Université Tiedao de Shanghai. Aujourd’hui, TUSM est situé sur les campus Siping, Nord et Ouest.